O projeto faz parte do Programa Zoneamento Ecológico-Econômico, coordenado pelo MMA em conjunto com outros 12 ministérios. O estudo faz um levantamento dos principais processos responsáveis pela transformação do território da bacia do São Francisco.

Estas modificações podem, por exemplo, acontecer em decorrência de fatores como a dinâmica demográfica e o acesso a determinadas regiões feito pela agricultura ou por processos de industrialização.

O ZEE aborda ainda as questões estratégicas para o vale do São Francisco, como o uso múltiplo da água, a ocupação e o uso do solo a governança socioambiental. Com base nestes diagnósticos, serão planejadas as ações governamentais necessárias para a implementação de políticas públicas de emprego e renda, revitalização e sustentabilidade de toda a bacia para os próximos 20 anos.

A metodologia do diagnóstico é composta por quatro temas: o socioeconômico, o meio físico (que inclui a geologia, geomorfologia, clima, hidrologia e pedologia, entre outros), o meio biótico( identificação de áreas importantes para a conservação da biodiversidade) e o jurídico e institucional ( identifica a ausência ou sobreposição de políticas públicas).