A chuva, que foi tão favorável para o milho, afetou negativamente as lavouras de algodão. Em maio foram acumulados 103 milímetros (mm) na região de Campo Novo do Parecis (396 quilômetros ao norte de Cuiabá), chuva que não foi vista no mesmo mês de 2011.

Todas as regiões que plantam algodão primeira safra sentiram dificuldade para fazer o manejo pré-colheita, aquele que prepara a lavoura para retirada da pluma do campo, com aplicação de maturadores e desfolhantes. Ainda, a alta umidade provoca o apodrecimento das maçãs do baixeiro. Mesmo assim, a produtividade deve manter-se mais alta em relação ao ano passado e a colheita deve acelerar com o cessar das chuvas nas próximas semanas. Como 54% da área foi plantada em dezembro, em Mato Grosso, de acordo com a Associação Mato-grossense dos Produtores de Algodão (Ampa), espera-se que até o final deste mês a mesma área seja colhida.

Já nas culturas de segunda safra, iniciam-se as últimas aplicações de reguladores de crescimento no algodão.