No entanto, o fluxo intenso de exportação expõe também o déficit em infraestrutura de transporte no Brasil, que acarreta em aumento do custo do frete, além de sobrecarga dos portos do Sul e Sudeste do país.

Segundo os dados da Secretaria de Comércio Exterior (Secex), observa-se que o porto de Santos é a principal rota de escoamento do grão e nos últimos anos torna-se cada vez mais participativa, sendo responsável por 3⁄4 do volume embarcado em 2012. O porto de Paranaguá, até 2011, exibia o ritmo crescente de exportação, porém, este ano declinou para 10% do total embarcado.

A participação do porto de Vitória, de 2008 a 2012, decresceu de 18% para 7%. Dentre os outros portos a participação do Norte soma apenas 5% em 2012, Manaus cai de 15% em 2008 para 2% em 2012, enquanto Santarém responde por 3% dos embarques de 2012.