Além de atrasar a colheita, as precipitações preocupam agentes, que comentam que a qualidade do grão novo, sobretudo o de arábica, já começa a ser comprometida. De acordo com informações do Cepea, as chuvas das últimas semanas provocaram queda de grãos dos pés, que, por sua vez, acabam sendo colhidos apenas quando o clima melhora. Esses grãos de varrição apresentam qualidade inferior.

A alta umidade também tem atrapalhado a secagem do café em terreiro. O clima úmido pode, ainda, elevar a incidência de grãos fermentados ou apenas parcialmente secos, o que também reduz a qualidade desses lotes. Por conta desses fatores, produtores consultados pelo Cepea comentam que a qualidade do café da nova temporada (2012/13) já é inferior à do grão da safra 2011/12, que havia sido considerada excelente. Vale ressaltar, contudo, que ainda é cedo para mensurar as possíveis perdas, visto que as chuvas são muito recentes.